O design simboliza a estrutura do edifício principal do Centro de Ciência de Macau, numa perspectiva tridimensional, podendo ser integralmente desenhado num único traço. Este demonstra o papel do Centro na promoção da compreensão da ciência por parte do público, manifestando assim, tanto o fenómeno externo como os princípios internos. Este símbolo, para além de parecer um rolo de pergaminho sendo desenrolado, significando a difusão do conhecimento, produz também uma ilusão óptica, formando uma imagem ambígua dependendo da perspectiva. O design possui ainda um nodo ascendente, com uma perspectiva rotativa, tanto à direita como à esquerda, representando as múltiplas abordagens que o Centro de Ciência apresenta sobre o avanço e aplicação da ciência e da tecnologia. A cor escolhida é uma transição gradual do verde para o azul. A cor verde representa a vida, enquanto a azul está associada ao oceano que protege o desenvolvimento da vida na Terra. A transição do verde para o azul ilustra o complicado equilíbrio e dependência entre a vida e o oceano, o qual tanto estimamos e devemos preservar.
O logótipo do Centro de Ciência de Macau foi escolhido de entre 635 designs inscritos no "Concurso para a Concepção do Logótipo do Centro de Ciência de Macau", organizado pelo Centro de Ciência de Macau S.A. no final de 2007. As letras e caracteres em chinês, português e inglês foram acrescentadas ao logótipo por um designer gráfico da Pei Partnership Architects.