館徽的圖像部分線條簡潔，不僅呈現出澳門科學館主體大樓的形狀，同時亦巧妙地以簡單的線條勾畫出大樓的內外兩面，恰似一個正被打開、不斷將知識向公眾傳播的書卷，充分表達出澳門科學館向公眾展示各種先進科技和自然現象背後的科學理論的使命。它的線條配搭除看似一個正被打開、不斷將知識向公眾傳播的書卷以外，同時為視覺感官帶來錯覺，產生時而由上而下、時而由下而上的兩歧圖形。設計更兼具向左、右兩邊展開旋轉的雙重視覺效果，代表著澳門科學館以多角度向公眾展現科學技術的發展與應用；而配色方面則以綠色漸變藍色為主。綠色代表著生命，而藍色則代表著孕育生命的海洋。由綠漸變成藍反映出生命與海洋之間息息相關，並提示我們要珍惜及小心維護大自然的生態平衡。

澳門科學館的館徽是透過澳門科學館股份有限公司於2007年底主辦的「澳門科學館館徽設計比賽」的635份參賽作品中所挑選出來，並由貝氏建築事務所委派平面設計師為館徽加上配襯的中、葡、英字體及修飾。